次のような原因が考えられます。
１)ファイバーパッドの劣化
劣化によって十分な厚さではないファイバーパッドを使用すると、ゲルとメンブレンの密着が悪くなり、転写ムラの原因となります。
ファイバーパッドの厚さが6.5mm程度であるか確認してください。
２）転写バッファーの発熱
転写バッファーは前日から冷蔵庫にいれて、十分に冷却したものをご使用ください。また、前日から冷凍しておいたアイスクーリングユニットを使用して、転写中にバッファーが熱くならないようにしてください。
３）スターラーバーによる温度ムラの解消
転写中は、バッファー槽にスターラーバーをいれて攪拌することによって、転写バッファーの温度ムラが生じないようにしてください。温度ムラは転写のばらつきの原因となります。