SDS入りの溶出バッファーで回収したサンプルから、イオン遅滞樹脂AG11 A8、陰イオン交換樹脂AG1-X2、BioBeads SM2 などを利用して、フリーのSDSを除くことができます。ただし、タンパク質に結合した状態のSDSまで完全にのぞくことはできません。
その他にも、次のような電気的透析を行うことで、サンプル中のSDSを減らすこともできます。
１）SDSを含む溶出バッファーを用いて、ゲルからの溶出を行う。
２）下部バッファー槽のバッファーを捨てて、溶出バッファーからSDSを除いた組成のものに入れ替える。
３）30分～数時間の通電を続けることで、SDSを電気的に透析する。