タンパク質が溶出されているかどうかを確認するために、通電後のゲルを染色をおこない、その結果により原因を推察してみてください。
1) ゲルからは溶出されているが回収率が悪いという場合
セロファンにサンプルが付着している可能性があります。
溶出時間を短くする、泳動終了後すぐに回収するなどを試してください。
また、溶出バッファーに界面活性剤が含まれている場合は付着しにくくなります。
通電後、パワーサプライに差し込んであるプラグを＋－逆にして数十秒間逆通電を行うと、付着してしまったサンプルが回収しやすくなります。
2) ゲルからの溶出が十分でない場合
溶出条件の検討が必要です。
通電時間が足りない、溶出バッファーが不適当である、電極間に気泡が入っている等の原因が考えられます。
ゲル厚、ゲル濃度、サンプルの分子量や等電点、バッファーのpH等は回収率に影響を与えるため、これらに合った条件設定が必要です。
また、セッティング時に気泡が入らないように充分注意してください。