以下のことが原因として考えられます。
1) アプライするサンプル量が不足している。
タンパク質定量を行い、最適な量のサンプルをアプライしてください。
2) サンプルがストリップに吸収されていない。
サンプルのアプライ方法としては、In-Gel Rehydration法、カップローディング法などがあります。
別のサンプルアプライ方法も検討してください。
3) 等電点電気泳動時にpH勾配が乱れている。
IPGストリップとフォーカシングと例の向きを確認してください。IPGストリップは、pHが酸性側に＋の刻印があります。＋の刻印を確認し、IPGストリップの＋側をフォーカシングトレイの陽極側にセットしてください。
4) 試薬が劣化している。
使用している試薬類が適切な状態で保存されているか、使用期限が過ぎていないかを確認してください。ReadyPrep2Dスターターキットに含まれるE.coliライセートをサンプルとすることで、試薬が適切かを確認することができます。
5) ハンドリングに問題がある。
IPGストリップのカバーフィルムを剥がすときは、一気に剥がしてください。１次元目の電気泳動終了後のストリップの取扱いもIPGストリップゲルが傷つかないように丁寧に取り扱ってください。
ReadyPrep2Dスターターキットに含まれるE.coliライセートをサンプルとすることで、問題がサンプルによるものかハンドリングによるものかを確認することができます。
6) サンプル調製方法に問題がある。
サンプルの可溶化に用いる界面活性剤や変性剤について、種類や濃度を検討してください。