以下のことが原因として考えられます。
1) IPGストリップとSDS-PAGEのゲルの間に気泡がトラップされている。
ローメルトアガロースをSDS-PAGEゲルに入れるときに気泡が入らないように気をつけてください。
ストリップをとSDS-PAGEゲルの間に気泡が入ってしまった場合、ローメルトアガロースが固まる前であれば、ストリップのフィルムをピンセットで上から押して取り除いてください。
2) IPGストリップの膨潤が不十分である、または操作中にIPGストリップに傷がついた。
ストリップは適切な量のバッファーを用いて、膨潤ムラのないように膨潤してください。
また、操作中にストリップに傷をつけないように注意してください。
3) (pH7付近の白抜け)サンプルバッファーのDTTが過剰である。
DTTの代わりにチャージの持たないTBPを還元剤として使用してください。
4) (電極、特に陽極付近の白抜け)塩濃度が高い。
塩濃度は10mM以下が推奨です。できるだけ塩を取り除いてください。