フローサイトメトリーとはサイトメトリー(Cytometry)の一種です。サイトメトリーとはその名の通りにCyto（細胞）＋metry(解析)：細胞を解析すること(技術)です。つまりサイトメトリーは細胞の様々なパラメーターを測定する方法です。

サイトメトリーにはフローサイトメトリーとイメージングサイトメトリーがあります。

フローサイトメトリーは液中に多数の細胞を流し、フローサイトメトリーの特徴であるハイドロダイナミックフォーカシング（流体力学的絞り込み）を用いて、細胞をひとつひとつ整列させて、個々の細胞をレーザービームにより検出します。形態学的な情報は得られませんが、迅速に個々の細胞を分析することができます。また細胞を分取することができるシステムもあります。

一方、イメージングサイトメトリーは蛍光顕微鏡技術を用いて細胞を形態学的に分析します。そのため、細胞内タンパク質の局在や生細胞では時系列分析も可能であり、フローサイトメトリーのように細胞の懸濁が必要ないため、付着細胞も容易に分析することができます。しかし、処理速度はフローサイトメトリーより低く、大量の細胞を分析するのは不向きです。