このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。

TALENsおよびCRISPR/ Cas9システムはゲノム編集技術に革命をもたらしてきました。これらは非常に有用なツールですが変異導入率は場合によっては5%未満と低い場合があります。変異導入の確認は重要な作業ですが、シークエンスなどの従来法では手間がかかったりコストが高くなったりといった問題がありました。

これらの問題はドロップレットデジタルPCR(ddPCR)を使用することで改善されます。
ddPCRなら簡単にゲノムに導入された変異数の絶対定量を行うことができます。

今回ご紹介するテクニカルノートでは、変異が導入された遺伝子とWild Typeを任意の比率で混合し、ddPCRを用いて混合率を検出しています。これは0.05%の混合率でも検出が可能でした。
また実際にCRISPER/Cas9 を使ってゲノム編集(一塩基置換, 遺伝子挿入, 部分欠損 )したHEK293T細胞について変異に応じた実験デザイン設計を行ってddPCRで測定した結果、0.5%未満の変異率でも検出することが可能でした。 ddPCRは高感度であるだけでなく、所要時間の面でもコスト面でも優秀な変異検出手法です。

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Wild Type(WT)遺伝子に1塩基変異を導入した遺伝子を任意比率で混合した際の、変異遺伝子検出率
青:変異遺伝子、緑:WT遺伝子