このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。

ドロップレットデジタルPCR(ddPCR)はターゲットDNA配列を精度よく絶対定量できますが、DNAサンプルを多くの微小区画(ドロップレット)に分配することによって、2つの遺伝子間の物理的関係を簡単に調べることも可能です。

下の図をご覧いただくと分かりやすいかと思いますが、2つの遺伝子が同じDNA鎖上に物理的にリンクされている場合とリンクされていない場合を調べることで、実際にリンクの程度を確認することができます。リンクされている場合には2つの遺伝子は1つのドロップレットで同時に検出されることが多くなり、リンクされていない場合には2つの遺伝子はそれぞれがランダムに分配されるため、1つのドロップレットから2つの遺伝子が検出される割合が相対的に少なくなります。

Comparison of expected co-localization

環境微生物分野では系統発生学的や生理学的な考察においてこのような遺伝子間の物理的リンクの状況を調べることがあります。遺伝子間の物理的リンクについては次世代シークエンサーでももちろん解析可能ですが、ddPCRはより簡便かつ迅速にアプローチすることができます。今回紹介する技術資料では、SAR11の16S rRNAとプロテオロドプシンの遺伝子間の物理的リンクをddPCRで確認しています。

バイオ・ラッドのデジタルPCRシステム、QX100/200シリーズの解析ソフトウェアはリンク度合いを示すLinkageという統計的な指標を算出します。2つの遺伝子間を制限酵素を切断した場合としない場合でLinkageを数値で比較して、リンク度合いを確認できます。