このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。

トランスクリプトーム解析において、mRNAだけでなく、タンパク質に翻訳されない非翻訳性RNA(non-coding RNA、ncRNA)にも、転写、翻訳、エピジェネティクスなど生体内の多様なプロセスに関与することが知られています。ncRNAは、20ヌクレオチド程度の低分子量のものから100kbにいたるncRNAがあり、ncRNA の長さによって、200ヌクレオチド以下をsmall RNA、200ヌクレオチド以上をlong non coding RNA ( lncRNA ) に分類されています。lncRNAは、多種類存在することが明らかになりましたが、発現量は少なく、機能は不明のものがほとんどです。

今回紹介するPrimePCR™ lncRNA qPCRアレイは、特定の疾患、代謝系など研究領域別に関連する非翻訳性遺伝子発現解析をqPCRシステムで簡単に行うことができます。PrimePCR™ lncRNA qPCRアレイの標的lncRNAは、薬剤や遺伝子抑制により発現差異が生じたlncRNAや細胞間で相関性のある発現パターンを示すlncRNAから選別しています。

PrimePCR™ lncRNA qPCRアレイに用いるプライマーとプローブは、最新アルゴリズムで設計し、PCR効率は90-110%範囲であることを実験で確認しています。さらに、ゲノムDNA混入、RNA品質の確認用コントロールも配置し、プロセスバリデーションも確認できます。

PrimePCR™ lncRNA qPCRアレイは、がんなどの疾患、代謝経路、シグナル伝達経路、細胞など研究領域別にデザインした20種類のアレイだけでなく、23,000種類以上のlncRNAアッセイからカスタマイズすることも可能です。

サンプル内のゲノムDNAの検出
PrimePCR™ lncRNA qPCRアッセイは可能な限り、Intron spanning assayで設計しています。 Cq値の分布の違いからゲノムDNAの有無を確認できます。
PrimePCR™ lncRNA アレイ

順遺伝学的手法ならびに逆遺伝学的手法で得られたRNA配列から、lncRNA-mRNAプロファイルを作成し、研究領域別に頻繁に引用されたlncRNAとバイオインフォマティクス分析によって同定された新規なlncRNAと組み合わせています。

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