このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。

RNAサンプルからの逆転写反応に「iScript Explore One-Step RT and PreAmp Kit」を使用すれば、前増幅(Preamplification)を組み入れたRT-qPCRワークフローを簡単に構築することができます。高効率な逆転写反応と前増幅を、1ステップで行うこのキットを用いて、血漿中のRNA (cfRNA) などの微量なサンプルからlong Noncoding RNA (lncRNA)のプロファイリングを試みた事例をご紹介します。

iScript Explore One-Step RT and PreAmp Kitのワークフロー図

RNAサンプルからゲノムDNAを含まない前増幅済みのcDNAを簡単に作成

前増幅を組入れたlncRNA RT-qPCR ワークフローにより、微量な血漿中cfRNAからPrimePCR Pan-Cancer lncRNA Array中の41種のうち29種ものlncRNAを検出(Cq<30)することができました。また細胞株を用いた実験でも、ごく僅かなサンプルから107種中88~90%のlncRNAを検出(Cq<29)できたことが示されました。

cfDNAから検出された29種のlncRNA

標準的なRT-qPCRとの比較試験を行うため、Universal human reference RNA (0.095 ng/uL; Agilent社)を用い、それぞれの実験系で最大のRNA量(前増幅あり:1ng、前増幅無し:1.33ng)においてlncRNAの検出を行ったところ、Cq値に改善が見られたことが示されました。

各ワークフローのCq値比較
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