このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。

Droplet Digital PCR(ddPCR)には、感度の向上、高解像度なCNV解析、精密・正確な分子カウティングなど多くの利点がありますが、さらに複数の検出系をマルチプレックス化することで、リキッドバイオプシーなど微量の限られたサンプルからの低レベルな検出を向上させることができます。

ddPCRはサンプルを何千ものドロップレットに分割したエンドポイント解析であるため、マルチプレックス化がより簡単であるという特長もあります。各ドロップレットは個別に測定され、それぞれのドロップレット固有の蛍光プロフィールが読み取られカウントされます。 一般にプライマーとプローブのセットをマルチプレックス化すると、PCR反応中のアッセイ効率の不均衡によりパフォーマンスが低下しますが、ddPCRでは各ターゲット分子を個々のドロップレット内で別々に増幅するため、ターゲット間の大きな効率差があってもリソースの競合がなく、それぞれのドロップレット固有の蛍光プロフィールが識別できる限り、ターゲット分子を正確にカウントすることができます。

1つ目の戦略、Amplitudeベースのマルチプレックス化では、プライマーやプローブの濃度を変えることでマルチプレックスを実現します。

2つ目の戦略、プローブ混合マルチプレックスでは、同ターゲットで異なるラベルのプローブを混合して、ターゲットを2Dプロットの狙った位置に配置します。このBulettinでは、潤沢なラインナップを持つバイオ・ラッドのddPCRアッセイを使用した、両方のマルチプレックス化の戦略について説明しています。

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