Droplet Digital™ PCRによる迅速なバリアントcis/trans Phasingの決定法ガイドライン

Droplet Digital PCR™ (ddPCR) を用いたDrop-Phase法は、ゲノム上のバリアントPhasing (cis/trans)を迅速かつ正確に決定することができます。
この記事ではCFTR遺伝子のバリアントペアのPhasingを決定し、最大で210kb離れて連結しているバリアントPhasingを決定することができたことが示されています。この方法は、シーケンシングによって発見されたバリアントのPhasingを調べたり、特定のハプロタイプを対象としたシーケンシングを行っていない検体のスクリーニングなどに応用することが期待されます。

Drop-Phase法では、Phasing決定の対象となる2つのバリアントをターゲットとしたマルチプレックスのddPCR反応を行います。2つのバリアントが連結している場合(cis型)は、連結していない場合(trans型)の独立したランダムな分配から推定される数より多数のダブルポジティブのドロップレットが生じます(図1)。この過剰なダブルポジティブのドロップレット数から連結したバリアントの濃度を算出することができます。

Drop-Phase法を用いて測定した、連結したバリアント分子の存在比率と、バリアント間の距離(kb)との関係(図2 B)。trans型(〇)の場合は連結したバリアントは検出されず、cis型(〇)の場合はバリアント間の距離に応じて連結した分子が検出されました。ゲノム上で100kbほど離れているバリアントにおいても20%前後の連結した分子を確認することができました。

今回ご紹介した記事の詳細はこちらからご覧いただけます。

Guidelines for Phasing Variants Using Bio-Rad's Droplet Digital PCR System

QX200 Droplet Digital PCR システム

製品紹介： QX200 Droplet Digital PCR システム ※当該製品は研究用機器であり、医療機器ではありません。

Droplet Digital PCR 論文データベース

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