サイトカインアッセイ等多くの場合、スタンダード用に16ウェル（8段階xDuplicate)と、バックグラウンドコントロール用に2ウェル設定していただくことをお勧めしています。そのため、Singleアッセイの場合、最大78サンプル、Duplicateアッセイの場合最大39サンプルのアッセイが可能です。
また、一部のアッセイキットにはQuality Controlのバイアルが付属しています。Controlの測定は任意です。
リン酸化アッセイ（Cell Signaling Assay）の場合は、上述のようなスタンダードはありませんが、ポジティブコントロールとネガティブコントロールを同時に測定しておくことを推奨します。コントロールの数や種類は測定項目に依存します。