[PDQuest] スポットの発現量比を棒グラフや絶対値ではなく、何倍という比で比較したいのですが可能ですか？

PDQuest Version 7.1以上の場合はPDQuest上で発現量比を表示することができます。それ以下のバージョンでは表計算ソフトを使用することになります。

1) PDQuest Version 7.1以上の場合
・上部メニュー Report >Quantity Table Report を選択します。
・Reportオプションの中から　Retio to にチェックを入れ、横にあるプルダウンから比較の基準となるゲルを選択します。
・画面下のDoneを押すと、全スポットの発現量の数値と発現量比を表示することができます。
（この機能はVersion　6.X - 7.01 には搭載されておりません。）

2) PDQuest Version 6.X - 7.01 の場合
PDQuestのバージョンによりコマンドの位置は若干異なりますが、Exportメニューからマッチセットの全データを出力し、表計算ソフトウェア上で算出します。