以下のような差があります。
1) 解析可能なゲルの枚数がAdvancedは無制限、Basicは15枚です。
2) AutoMatchingを行った際のMatch率に差があり、Advancedのほうがより高いMatch率が得られます。
3) イメージワーピング機能の有無が異なり、視覚的な解析を行う場合の効率に差がでます。
4) マルチフルオレッセンスゲル（DIGE)の内部標準を用いた補整機能に差があります。
また、このほかにも
・解析プロトコールの再利用、エクスペリメントファイルどうしの比較、CFR Part11 対応（要・別売モジュール）などに差があります。