カップリング自体は可能ですが、効率は低下することが予想されます。
6M尿素を含むサンプルでカップリングできたケースもありますが、効率は低くなります。また、濃度はより低いものをお勧めします。
尿素は分解するとカップリングを阻害するアンモニウムイオンが生じるため、純度の高く、脱イオン化されたものを使用してください。
水に溶解後１週間以内で分解が始まるため、溶解後できるだけ早いうちにカップリングに使用することをお勧めします。
アフィゲルはエタノールなどの有機溶媒中でも使用可能です。エタノール中でタンパク質の性質に影響がなく、変性剤なしでも溶解性が保持できるのであれば、こちらの溶媒系もご検討ください。