ソフトウェアには大きく3つの画面があり、メンテナンス、測定の設定と測定、測定結果のリスト、となっており、感覚的に使用することが出来ます。
メンテナンスについて
Maintenance画面では、装置の流路洗浄やCalibration/Verification等の操作やニードル（Probe）の高さ調整を行う機能がまとめられています。また、最後にCalibarionおよびVerificationを行った日時も示されます。
ニードルの高さ調整については、専用プレートを使用することにより、Bio-Plex Flat-Bottom Plateやフィルタープレートなどのための調整を簡単に行うことが出来ます。
プロトコールの設定について
Bio-Plex Assayの情報が予め登録されており、プルダウンメニューで呼び出すことが可能です。
カスタマイズしたパネルについては、チェックボックスにより、簡単にアッセイから除外したり、戻したりすることが可能です。既存パネルの編集や、新規パネルを登録することも可能です。
測定について
トラブルがあった場合など、任意のタイミングで測定を中断し、装置のメンテナンスや設定の修正などを行った後、その時点から再開することも可能です。エラーのあったウェルを再測定することも可能です。その際、もとのデータに再測定したウェルのデータはマージされ、一つの測定データとして出力することが可能です。
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