[GelDoc XR Plus] 今までImage LabのApplication選択画面からCoomassie BlueやSilver Stain を選んでいたのですが、それらが急に表示されなくなりました。

なんらかの原因でソフトウェア内部のオプション設定が切り替わってしまったと予想されます。

Coomassie BlueやSilver Stain などはImage Labのオプション項目のうち、White Light Conversion Screenにチェックが入っていないと表示されません。
Image Lab上部のメニュー　＞Edit ＞Instrument Set Up　を選択し、White Light Conversion Screenのオプションにチェックを入れてOKを押して下さい。