以下の違いがあります。
1) Local
バンドとして囲った範囲の1pixel外側のピクセルの平均値をBackgroundとして計算し、対象のバンド内のピクセルから差し引きます。
この方法はバンドの囲い方により定量値が大きく変動したり、個人差が出やすい方法ですが、局所的な染色ムラなども補正することが可能です。
2) Global
バックグラウンドとして計算したい範囲をあらかじめ自分で囲い、その範囲の属性をBackgroundとして設定しておきます。囲んだ範囲の平均値を全てのピクセルから差し引きます。
この方法は局所的な染色ムラなどに対応することはできませんが、バンドの囲い方などによる差や個人差が出にくい方法です。
どちらの方法が正確かはケースバイケースとなります。