次のような違いがあります。

・Optimal Auto
できるだけ広いダイナミックレンジとなるように、濃いバンドのシグナルが飽和に近づくような露光時間で撮影します。

・Rapid Auto
一部のバンドに基づいて、できるだけ速やかに撮影可能な露光時間を判断します。結果的に、ダイナミックレンジが狭かったり、シグナルの飽和が見られたりすることもあります。

一般に化学発光の撮影では、まずRapid Autoによる撮影を試した後、その画像のImage Info から露光時間を確認して、Manual Exposure（または Optimal Auto やSignal Accumulation Modeなど）で撮影をしなおすという手順がスムーズかと思われます。
一般に、長時間露光が必要なサンプルは、自動露光による撮影に適していません。長時間露光が必要なサンプルの場合には、Manual Exposure か Signal Accumulation Modeで撮影するようにしてください。