各パラメーターは、それぞれ次のような意味の数値となっています。
1.Sensitivity
バンドとして認識するシグナルの下限値を決めるパラメータです。この数値を高くすると弱いシグナルもバンドとして認識するため結果的にバンドの数は増えますが、高くしすぎるとバックグラウンドまでバンドとして認識する可能性も大きくなります。
GS-900でのOD値が0.05以下（またはChemiDocシリーズでのカウント値が2,000以下）であるような弱いバンドを検出したい場合は、20.0程度までSensitivity を上げます。
2.Size Scale
バンドとランダムノイズを区別するためのパラメータです。
Size Scaleは、バンドとして認識するかどうかを決定するための縦方向のピクセル数を意味しています。縦方向に設定値以上の厚み（ピクセル）を持っていればバンドとして認識します。画像のバックグラウンドが高い場合はより大きなSize Scale値で、低ノイズであれば小さなSize Scaleで検出するほうがよい結果が得やすくなります。
3.Noise Filter
バンドとして認識されているランダムノイズを減らすためのパラメータです。Sensitivityの数値を高く設定した際に、このNoise Filterの設定が重要となり、ノイズの誤認識を少なくすることができます。Noise Filterで設定された値は、ピクセル数で示したフィルタの大きさです。たとえばNoise Filter の設定を2.50にすると、2.50 x 2.50 ピクセルのフィルタを設定したことを意味します。このフィルタサイズより小さいシグナルは、ノイズと認識してバンドの検出対象外となります。
4.Shoulder
バンドの境目を区別する際に、デンシトグラム（Lane Profile）で得られるピークの肩（Shoulder）を考慮したバンドの検出を行います。近接した２つのバンド（ピークの谷間は小さい）について、Shoulder値を大きく設定すると、小さな肩もバンドの境界として認識するようになります。この数値を0にすると、バンドを認識する際に曲線の肩を考慮しなくなります。