次の点が原因として考えられます。
1) タンパク質がカルバミル化を起こし、pIがシフトしている。
タンパク質を尿素を含む溶液で長期間保存しないでください。また、30℃以上に加熱しないようにしてください。
2) バッファー中の還元力が不足し、タンパク質のシステイン残基が再酸化している。
DTTの濃度を上げる、もしくは還元力の強いTBPを使用してください。
3) プロテアーゼによりタンパク質が分解されている。
サンプル溶液にプロテアーゼインヒビターを加え、短時間で操作を行ってください。また、サンプルは氷上で扱ってください。
4) IPGストリップがSDS-PAGEゲルに適切にセットされていない。
IPGストリップがSDS-PAGEゲルに密着させてください。
5) SDS-PAGEにおいて、ゲル内で温度グラジェントが生じている。
使用する電気泳動槽の取扱説明書を参照し、最適な電気条件でSDS-PAGEを行ってください。