次の原因が考えられます。
1) 試薬が古い。
試薬が古くなると、色素が凝集しやすくなります。新しいものに交換してください。
2) プレフィルターをかけていない。
染色液は使用する前に凝集物を取り除くために、Whatmanの定性ろ紙No.1用いて、ろ過を行ってください。
このフィルタ－のポアサイズは11umですので、材質やポアサイズが同等であれば他のろ紙も使用することができます。
3) 染色液を混合後、時間が経過しすぎている。
染色液とサンプルを混合後した後、5分から1時間以内に測定を行ってください。これ以上経過すると、凝集を起こすなどし、定量結果に影響を与えます。
4) スタンダードタンパク質では凝集が見られない場合、サンプルに由来する問題と考えられます。
凝集の原因を考察し、場合によってはLowry法など別のプロテインアッセイ方法をご検討ください。