ドロップレットデジタルPCRで遺伝子間の赤い糸を調べてみました
このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。
ドロップレットデジタルPCR（ddPCR）はターゲットDNA配列を精度よく絶対定量できますが、DNAサンプルを多くの微小区画（ドロップレット）に分配することによって、２つの遺伝子間の物理的関係を簡単に調べることも可能です。
下の図をご覧いただくと分かりやすいかと思いますが、２つの遺伝子が同じDNA鎖上に物理的にリンクされている場合とリンクされていない場合を調べることで、実際にリンクの程度を確認することができます。リンクされている場合には２つの遺伝子は１つのドロップレットで同時に検出されることが多くなり、リンクされていない場合には２つの遺伝子はそれぞれがランダムに分配されるため、１つのドロップレットから２つの遺伝子が検出される割合が相対的に少なくなります。
環境微生物分野では系統発生学的や生理学的な考察においてこのような遺伝子間の物理的リンクの状況を調べることがあります。遺伝子間の物理的リンクについては次世代シークエンサーでももちろん解析可能ですが、ddPCRはより簡便かつ迅速にアプローチすることができます。今回紹介する技術資料では、SAR11の16S rRNAとプロテオロドプシンの遺伝子間の物理的リンクをddPCRで確認しています。
バイオ・ラッドのデジタルPCRシステム、QX100/200シリーズの解析ソフトウェアはリンク度合いを示すLinkageという統計的な指標を算出します。２つの遺伝子間を制限酵素を切断した場合としない場合でLinkageを数値で比較して、リンク度合いを確認できます。
| Droplet Digital PCR: Linking Microbial Physiology and Phylogeny Using Bio-Rad’s QX100 Droplet Digital PCR System |
QX200 Droplet Digital PCR システムの製品紹介
※当該製品は研究用機器であり、医療機器ではありません。
| 製品紹介:QX200 Droplet Digital PCR システム |
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