[Criterionセル] 同時に2枚のゲルを電気泳動したが、泳動されるスピードがそれぞれのゲルで違います。

次の原因が考えられます。
1)下部バッファー量が異なる。
Criterionセルは下部バッファー槽がそれぞれ独立しています。
下部バッファー量が異なると、泳動中にそれぞれのバッファー槽で発生する熱量が異なるため、泳動速度も変わります。
それぞれの下部バッファー量が均一であることを確認し、電気泳動を開始してください。

2)上部バッファー量が異なる。
Criterrionセルで用いられる上部バッファー槽はゲルカセットに備わっており、それぞれ独立しています。
上部バッファー量が異なると必要とされるゲルに供給されるイオン性成分の量が変わり、泳動速度も変わってきます。
それぞれの上部バッファー量が均一であることを確認し、電気泳動を開始してください。

3)使用したゲルの濃度が異なる。
ゲル濃度が異なる場合、ゲルの持つ篩い分け効果が異なるので、若干泳動速度が変わります。