PCRが正常に行われていない可能性があります。
PCRが正常に行われていない理由には主に次の原因が考えられます。
1) プライマーデザインに問題がある
2) 温度条件(特にアニーリング温度)が適切でない
3) 試薬の濃度が適切でない
4) サンプルの初期鋳型量が多すぎる、または少なすぎる
以下のことをご検討ください。
1) プライマーを再設計する
2) アニーリング温度を検討する
3) プライマーの濃度やdNTPの濃度を検討する
4) サンプルの鋳型量を調整する
また、リプリケートのばらつきが原因で相関係数が低い場合は、試薬調製時のピペッティングが原因の可能性があります。リプリケートは1チューブにまとめて作製することをお勧めします。