泳動槽等の汚れが原因と考えられます。対処方法として市販の漂白剤による処理を推奨します。次のように洗浄してください。
1) 泳動槽内のBufferを廃棄します。
2) 泳動槽、チラー、ポンプを繋いだ状態にし、2Lの蒸留水を入れます。
3) 漂白剤をキャップ約2杯ほど加え、約1時間循環し、その後約1時間ほど放置します。
4) 少し循環した後、泳動槽、チラー、ポンプ内の溶液を廃棄します。
5) 再度、泳動槽、チラー、ポンプを繋いだ状態にし、2Lの蒸留水を入れ、15分ほど循環し、廃棄します。この操作を2-3回繰り返します。
6) 泳動槽、チラー、ポンプ内の溶液を廃棄し、乾燥します。
泳動後、泳動槽、チラー、ポンプ内のBufferを廃棄せず、そのままの状態にしておくとカビなどが発生し、これが原因でバンドがスメアーになってしまいます。日頃から泳動後にBufferを廃棄し、一度蒸留水を循環させた後に、廃棄して乾燥しておけば、漂白剤を用いた洗浄操作は必要ありません。