解析ソフトウェアに相対定量機能を搭載している現在販売しているシステムは、CFX96/CFX384 Touch, CFX Connectです（2016年現在）。
ΔΔCt法より進んだ相対定量解析機能が搭載されています。増幅効率に基づく算出方法、複数のリファレンス遺伝子の設定が可能です。具体的にはVandesompeleらによる算出方法に基づいています。
Vandesompele, J. et al. Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes. Genome biology 3, RESEARCH0034 (2002).