サーマルサイクラー部がまだRun中の状態になっていることが原因で、サーマルサイクラー部がコンピューターに認識されていないというメッセージです。

次の操作を行なってください。

1)すべての電源(PCを含めて)を切ってください。
2)サーマルサイクラー部だけ電源をいれていただいて、ログインしてください。ログインユーザーを作成していない場合には、New Userにて新規ユーザーを作成してください。
3)Home画面にてShift-F2を押してRun Screen画面に移ってください。
4)Run Screenにて、Run中であれば、End Runを押してください。もしなければ、次に進んでください。
5)F5ボタンでHomeに戻って、サーマルサイクラー部の電源を切ってください。
6)再度、サーマルサイクラー、光学部、PCの電源を入れてください。
7)iQ5ソフトウェアを起動して、サーマルサイクラー部の液晶画面でHOST CONTROLという表示されていれば正常です。