一般的な転写バッファーに添加されているメタノールには、タンパク質とメンブレンとの親和性を高める役割があります。しかし、メタノールにはゲルを収縮させる効果があり、ゲルからのタンパク質の溶出効率を低下させる恐れもあります。
通常メタノールは最大で20%加えられていますが、メタノールの含量を少なくすることでゲルからの溶出効率を改善できることもあります。ニトロセルロース膜の場合にはメタノールを転写バッファーから除くことはできませんが、PVDF膜の場合にはそれ自体の疎水性が高いので0%とすることもできます。
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