FPQuestはグレースケールの8bit、12bit、16bitの非圧縮TIFFフォーマットの画像を読み込むことができます。
また、JEPGやGIF, PNG, 圧縮TIFFなど、多くのファイル形式にも対応しています。グレースケールのTIFF以外の形式のファイルを開く場合は、ファイルを取り込む際のダイアログ"Do you want to edit.."で、Yesを選択して開く、"Fingerprint image imporr editor"により、読み込み可能な形式に変換することができます。
なお、FPQuestの旧バージョンにあたるFingerPrintingII はJPEGファーマットには対応していません。