次の原因が考えられます。
1)ゲルのバッファーが置換されていない。
SDS-PAGEのバッファーが残っていると、うまく染色されない場合があります。
精製水での洗浄（5分×3回）のときに、精製水の量を多くしたり、振とう機での振とうを少し強めにしたりして、精製水への置換を充分に行ってください。
2)タンパク質が拡散している。
サンプルが10kDa以下のペプチドの場合は、染色前に40% メタノール、10% 酢酸で30分振とうして固定することをお勧めします。
そのほか以下の溶液が使用できます。
20%メタノール/10%TCA
30%エタノール/20%TCA
25%エタノール/12.5%TCA