C1000には10個のプロトコールがプリインストールされています。プリインストールされているプロトコールの名称と内容は以下の通りです。
・STD2: 標準的な2ステップPCR
・STD3: 標準的な3ステップPCR
・TCHDOWN: タッチダウンPCR（アニーリング温度60℃からサイクルごとに45℃まで下がる）
・iTAQ-FST: iTaq DNAポリメラーゼを使用したFast PCR
・IPRF1KB: iProof DNAポリメラーゼを使用した1KB以下のテンプレート用Fast PCR
・IPRF8KB: iProof DNAポリメラーゼを使用した8KB以下のテンプレート用Fast PCR
・IPRF15KB: iProof DNAポリメラーゼを使用した15KB以下のテンプレート用Fast PCR
・ISCRIPT: iScript cDNA Synthesisキットを使用した逆転写反応
・NESTPR2: Nested 2ステップPCR
・NESTPR3: Nested 3ステップPCR