[Profinity eXact] 非特異的吸着を防ぐ為、どうしても塩化ナトリウムを使用したいのですが、低濃度でも使用できますか？

使用できません。
塩化ナトリウムの代わりに酢酸ナトリウムを使用してください。

クロマトグラフィーによるタンパク質精製では、非特異的吸着防止の目的で300mM程度の塩化ナトリウムをバッファーに加えますが、eXactタグタンパク質精製の場合は低濃度であっても塩化物イオンがsubtilisinを活性化し、結合した瞬間にtagが切断されてしまいます。

その結果、次の洗浄ステップで目的のものが溶出してきてしまいます。
この影響は4℃で操作を行うことで軽減できますが、より安全な酢酸ナトリウムをおすすめします。
同濃度で塩化ナトリウムと同様の効果を得られます。