MiniOpticonでCFX Managerを使用した場合、設定できるサンプル容量が最大50μlまでになります（Opticon Monitor使用時は最大100μl）。また温度は100℃まで設定できますが、実際には99.9℃までしか温度は上がりません（Opticon Monitorでは99℃までしか設定できません）。

また1台のPCでOpticon Monitorでは最大4台までのMiniOpticonが制御可能でしたが、CFX Managerでは1台のMiniOpticonしか制御できません。