次のような手順で Ponceau S 染色を行なうことができます。
1) Ponceau S 溶液 (0.2%w/v Ponceau S in 30% TCA and 30%w/v sulfosalicylic acid)にて1-2分間の染色を行います。
2) 1% 酢酸にてバックグラウンドが低くなるまで脱色を行います。
なお、Ponceau S染色にはいくつかの方法が知られており、その他にも染色液として0.1%w/v Ponceau S in 5% 酢酸を、脱色液としてTBSや蒸留水を用いる方法もあります。