原因としては以下のことが考えられます。
1) 泳動槽の水平がとられていない。
泳動槽が傾いていると、バッファーの温度ムラが発生して、ゲルにも温度ムラが伝わり、左右で泳動の速さが異なってきます。水準器を使って、泳動槽の足がネジになっているので、それを回して水平になるように調整してください。
2) ゲル作成時の水平がとられていない。
ゲルを作成する場所が傾いているとゲルの厚みが変わってきて、ゲル内の温度ムラが生じます。水平な場所でゲル作成を行ってください。
3) ポンプの流速が遅くなっている。
ポンプの流速が遅くなっていることで、泳動槽内の温度ムラが発生します。ポンプの目盛は通常は75-85程度に合わせていただくのですが、経年変化でポンプの性能が落ちている場合には、90以上に流速を上げてみてください。
4) バッファーが流れるチューブがつぶれている。もしくはねじれている。
チューブが途中でつまるようなことが起きているとやはりバッファーの流れが悪くなり、泳動槽内の温度ムラが発生します。チューブがつぶれていない、ねじれていないことをご確認ください。
5) 泳動槽から本体に接続しているケーブルのうち、グレーの25-pinケーブルの接続が不十分のために正常な電場が加えられていない可能性があります。ケーブルを一度抜き、再度接続し直してください。
もし上記の点が問題ない場合には、本体もしくは泳動槽の故障が考えられます。