泳動中のゲルは通電によって発熱します。このような温度上昇はゲルの中央部ほど大きくなるので、結果的に中央部で泳動が早く進みスマイリングを生じてしまうことがあります。このような場合、次のような発熱を抑える対策をとることで、スマイリングを軽減できます。
1)泳動バッファーの再調製
バッファーの組成が適切でない可能性があります。バッファー作成方法を確認し、再調製したバッファーでお試しください。
2)下部バッファー量の調整
下部バッファーの量を推奨される量まで増やしてください。これにより、ゲルからの発熱を下部バッファーに分散させる効果が期待できます。
3)設定電圧の調整
200V定電圧で設定している場合、100Vに下げて泳動すると改善されることがあります。これにより、発熱を抑える効果が期待できます。