通常、インナープレートとアウターガラスプレートのサンドイッチではゲル1枚を作成します。
このプレートを使用して、アウタープレート、ノッチドインナープレート、インナープレートの順でキャスティングすると、片面だけでゲル2枚を重ねて作成することができるようになります。
両面でノッチドインナープレートを使ったゲルをセットすれば、1台のプロティアンIIセルで同時に4枚のゲルをで泳動することができるようになります。
また、このプレートを使用するときにはインナークーリングコアは循環ポンプ等を使用して冷却しながら泳動することをお薦め致します。