可能です。CFX96/CFX384の背面にあるUSBポート（タイプA、長方形）に接続することでS1000を最大3台まで接続できます。C1000ベース部分からコントロールも可能ですが、CFX96/CFX384の付属PCにインストールされているCFX Managerからコントロールすることもできます。
CFX ManagerでPlate Readステップを削除することで通常のPCRが可能（Plate Setupタブが消える）ですが、S1000では通常のPCRのみランが可能なので、Plate Readステップを削除する必要があります。