次のような手順で、回収したフラクションを希釈して、もう一度分画を行うことで、より分離度を高めることができます。
1) １回目の泳動によって分画された中で、目的のタンパク質を含むフラクションを用意します。
2) フラクションをマイクロロトフォアセルにアプライするのに適切な容量（2.5ml）に希釈します。フラクションは精製水、または最大8M までのUrea や非イオン性界面活性剤を含むバッファーで希釈します。サンプル中のアンフォライトの濃度が0.8%以上であることを確認してください。ただし、新たにアンフォライトを加えないでください
3) サンプルをマイクロロトフォアセルにロードして泳動を開始します。再分画の方が、サンプルのイオン強度が低いため、分離されるまでの到達電圧が高くなる可能性があります。マイクロロトフォアセルの電圧リミット（1000V）まで達しないことを確認してください。