CFX96ではサンプル容量の上限が50μl/ウェルでしたが、CFX96 Deep Wellでは上限が125μl/ウェルとなっています。またCFX96は標準高よりも高さが低いLow Profileプレート・チューブのみしか使用できませんが、CFX96 Deep WellではFull Height（標準高）プレート・チューブおよびLow Profileプレート・チューブの使用が可能です。
なおCFX96 Deep Wellを搭載できるサーマルサイクラーはC1000 Touchサーマルサイクラーのみで、タッチパネル方式でないC1000（旧型）には搭載できませんので、ご注意ください。