以下のことが考えられます。
1) マニュアル操作でRecordした場合、スタートとエンドのフラグは表示されません。
Stopの状態でBioLogic LPのMethodをスタートさせてください。
2)LP本体背面のケーブル接続が緩んでいる可能性があります。
LP本体、PCの電源を切り、ケーブルを挿しなおしてからLP本体とPCを立ち上げてください。
3) Delay volumeを設定している場合、
クロマトグラムにフラグが表示されてからDelay volume分遅れてフラクションが動くため、ずれて見えます。