特徴として、以下の各点が挙げられます。
1) 自動セットアップ
光軸調整では、S3e セルソーターから新搭載された AutoGimbal システムにより、X,Y,Z 軸に加えてピンチ、ロールの計5 軸により高精度に光軸を自動調整します。
また、ProDrop テクノロジーによって、ブレークオフポイントの調整と、ドロップディレイ計算を自動化し、他のセルソーターでは時間を要するセットアップ作業を大幅に簡素化しました。
2) 使いやすい
専用のProSortソフトウェアにより最小限のトレーニングで、研究者ご自身が直感的に分析、セルソーティング実験が可能です。
3) コンパクトデザイン
どの研究室にもフィットするように流路系（シース液、脱イオン水、廃液タンク）および温度制御システムをS3セルソーター内に内蔵しているため、本体部分以外に余計な設置スペースを必要としません。
4) 高速・高純度ソーティング
Jet-in-Airテクノロジーにより、分析速度100,000eps、分取速度30,000epsの高速ソーティングが可能であり、分析純度に関しても99%以上を実現しています。