次のような手順でゲルを作成します。
なお、調製する液量は使用するゲルプレートのスペーサー厚などに応じて計算してください。
１）ゲル用のガラスプレートをセッティングして、コーム先端から 0.5 - 1cm 程度下にマーキングしておき、分離ゲルを注ぎ込む高さの目安とします。
２）Resolver A と Resolver B を 1:1 で混合して分離ゲル溶液を調製します。
３）分離ゲル混合溶液 1ml あたり TEMED を 0.5uL、10% APS を 5uL 添加して（終濃度 0.05% TEMED, 0.05% APS）、静かに混合します。
適当なピペットを使用して気泡を生じさせないように、静かにゲルプレートのマークしたラインまで注ぎ込みます。
４）Stacker A と Stacker B を 1:1 で混合して濃縮ゲル溶液を調製します。
５）濃縮ゲル混合溶液 1ml あたり TEMED を 1uL、10% APS を 5uL 添加して（終濃度 0.1% TEMED, 0.05% APS）、静かに混合します。
適当なピペットを使用してショートプレート側の上端まで注ぎ込みます。この時、気泡を生じさせないように、静かに一定の流速で流し込むようにして、分離ゲルとの界面をできるだけ乱さないように注意してください。
（濃縮ゲル溶液は分離ゲル溶液と混ざりにくい組成なので、１ステップで重合反応をさせることができます）
７）すぐにコームをさして、重合するまで30-45分以上、静置します。
８）作成したゲルは乾燥防止のため、脱イオン水をしみこませたペーパータオルと一緒にジッパー付のポリ袋に入れて保存してください。この状態で、４℃で４週間の保管が可能です。
なお、通常のゲル作成方法と同様に、分離ゲルと濃縮ゲルを別々に２ステップで重合させることもできます。
その場合、3) で分離ゲル溶液を注ぎ込んだ後、脱イオン水や水飽和イソブタノールを静かに重層してゲルを重合させてください。
30-45分でゲルが重合しますので、その後アルコール臭がしなくなるまで脱イオン水でゲルを洗浄し、ろ紙で水分を除いた後、濃縮ゲルを注ぎ込んでください。