CFX Connectには3つの励起・測定チャンネルがあります。各チャンネルで測定できる蛍光色素は以下の通りです。
チャンネル1（励起450-490nm、測定515-530nm）：FAM、SYBR Green I
チャンネル2（励起515-535nm、測定560-580nm）：VIC、HEX、TET、Cal Gold 540、Cal Orange 560
チャンネル3（励起450-490nm、測定560-580nm）：FRETケミストリー用
（出荷時期により、一部の蛍光色素が登録されておりませんので、ご注意ください）
同じウェルで複数の蛍光色素を同時測定する場合、各チャンネルで一つずつ蛍光色素を選択する必要があります。マルチプレックスの場合にはチャンネル1-2を同時に使用できますので、１つのウェルで最大2種類の蛍光色素を測定可能です。