ゲルのアガロース濃度によって変化しますが、一般的にはBPBが300bp、XCが3,000-4,000bp付近に泳動されます。
各アガロース濃度でのDNAサイズ相当の目安は以下の通りです。
BPB
0.7%アガロースゲル - 1,000bp
1%アガロースゲル - 500bp
2%アガロースゲル - 150bp
3%アガロースゲル - 50bp
XC
0.7%アガロースゲル - 10,000bp
1.5%アガロースゲル - 4,000bp
2%アガロースゲル - 750bp
3%アガロースゲル - 200bp