Exonic: プライマーセットはmRNA配列中の同一エキソン内にデザインされているため、ゲノムDNA配列からも増幅が起きる可能性があります。遺伝子発現解析を実施する場合、コンタミネーションしたゲノムDNAからの増幅を低減させるためにRNAサンプルをDNaseで処理することが望ましい場合があります。
Exon-exon junction: 一方のプライマーがexon-exonジャンクション上に位置しています。 遺伝子発現解析を行う場合、このデザインはコンタミネーションしたゲノムDNAからの増幅を低減させます。
Intron-spanning: それぞれのプライマーは、大きなイントロン（750bpより長い）が間に存在する異なるエキソン上にまたがってデザインされています。遺伝子発現解析を行う場合、この設計手法はコンタミネーションしたゲノムDNAからの増幅を低減させます。
Small intron-spanning: それぞれのプライマーは、短いイントロン（750bpより小さい）が介在する異なるエキソン上にデザインされています。このプライマーデザインは遺伝子発現解析を行う場合、コンタミネーションしたゲノムDNAからの増幅を十分に低減できない場合があります。