ここでは、第１章への導入として、フローサイトメーターを構成する５つのシステムについて概説します。詳細は第１章を参照してください。

フローサイトメーターは大きく分けるとサンプルが流れる水系（流路系＋分取系）と主に光学系からなる測定系があります。それぞれをさらに分割すると流路系(Fluidics System)、光学系（Optical System）、検出系（Detection System）、電子処理系（Electric Processing System）、分取系（Sorting System）の５つに分けられます。

流路系ではサンプル中の粒子を整列して流します。光学系は励起光源としてレーザーが照射されます。またサンプルからの散乱光や蛍光は検出系の光学フィルターを通り光電子増倍管（PMT: Photomultiplier tube）により検出されます。
検出されたシグナルは、電子処理系によりデジタルデータに変換され、コンピューター上で解析します。また、セルソーターではどのようなシグナルを持つ細胞が分取されるべきか、その条件設定もコンピューター上で行います。そして条件に合う細胞を含む液滴が分取系によって荷電され、回収容器に分取されます。

セルアナライザーでは分取は行わないため、流路系、光学系、検出系、電子処理系の４つを備えています。セルソーターはそれに分取系を加えた計5つの要素を備えています。

次章では上記の５つについてさらに詳しく説明しています。