このコーナーでは、定期的にバイオ・ラッドの新製品や技術情報のトピックをご紹介します。
ゲノム編集に関する技術は近年目覚ましい進歩をとげており、基礎研究から臨床応用にまで幅広い分野で盛んに利用されています。今日までにゲノム編集の手法として、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)、TALEN、そして CRISPR-Cas9 といった様々な手法が開発されています。なかでも CRISPR-Cas9 は簡便で低コストに調製できることから、「ゲノム編集」という技術が一気に広まるきっかけとなったテクノロジーでもあります。各種ゲノム編集技術の特徴と、CRISPRに続く技術についても概要が英文ウェブサイトに紹介されています(BioRadiations)。
Meganucleases | Zinc Finger Nucleases | TALENs | CRISPR-Cas9 | |
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Target site length | 14-40 bp | 18-36 bp per ZFN pair | 28-40 bp per TALEN pair | 19-22 bp |
Off-target effects | Some mismatches are tolerated | Some mismatches are tolerated | Some mismatches are tolerated | Tolerant even of several consecutive mismatches |
Targeting constraints | Reengineering for new specificities is challenging | G-rich regions are challenging | 5' T for each TALEN is required | PAM is required |
Ease of design | Extremely difficult | Difficult | Moderate | Easy |
Multiplexing | Challenging | Challenging | Challenging | Easy |
Ease of in vivo delivery | Small size allows use of many viral vectors | Small size allows use of many viral vectors | Large size of each TALEN limits viral vectors, and repetitive sequences lead to unwanted recombinations | S. pyogenes Cas9 is too large for smaller capacity viral vectors |
Ease of ex vivo delivery | Relatively easy | Relatively easy | Relatively easy | Relatively easy |
様々なゲノム編集技術の特徴 BioRadiationsの記事より引用
CRISPR-Cas9システムでは、まず編集したい標的DNA配列に基づいてguide-RNA(gRNA)をデザインします。 次に、このgRNAをCas9ヌクレアーゼと共発現させるためのベクターに導入し、細胞にトランスフェクションします。 そのトランスフェクションの手法としては、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、リポフェクション、ウィルスベクター、パーティクルデリバリー(遺伝子銃)を用いた手法などがあります。 どの方法が最適かは、細胞の種類や実験目的にもよるため一概に言うことはできません。 しかし、ウィルスや外因性の化合物が一緒に導入されてしまう心配の少ないエレクトロポレーション法は、論文の実績も多くあり(Bulletin 6826)、 CRISPR-Cas9システムにおいても重要なトランスフェクション方法の一つとされています。